三、子午流注的理论基础
（一）人与自然相应
人与自然相应，即天人相应思想，是子午流注针法产生的源头。
《灵枢·岁露论》曰：“人与天地相参也，与日月相应也。”人生活在天地之间、宇宙之中，人的生命活动与自然界的种种变化息息相关，日月运行、四季更迭、昼夜交替都会直接或间接地对人体产生影响。早在两千多年前，古人就认识到了人与自然的统一性，如《素问·四气调神大论》曰：“夫四时阴阳者，万物之根本也。所以圣人春夏养阳，秋冬养阴，以从其根，故与万物沉浮于生长之门。”这说明一年四季存在着阴阳的消长变化，人体的功能活动也相应受到影响，只有顺应自然界的变化，与天地阴阳协调一致，方可保持身体健康。又如《素问·生气通天论》曰：“故阳气者，一日而主外，平旦人气生，日中而阳气隆，日西而阳气已虚，气门乃闭。”《灵枢·顺气一日分为四时》云：“夫百病者，多以旦慧昼安，夕加夜甚。”其说明一天当中的不同时段人体的阳气有所不同，因此也会影响疾病的状态，表现出旦慧昼安、夕加夜甚的特点。如《素问·八正神明论》所说：“月始生，则血气始精，卫气始行；月郭满，则血气实，肌肉坚；月郭空，则肌肉减，经络虚，卫气去，形独居。”月球的引力像引起海水潮汐一样对人体中的体液产生影响，因此人体的气血盛衰还与月亮的盈亏直接相关。《素问·四气调神大论》云：“故阴阳四时者，万物之终始也，死生之本也，逆之则灾害生，从之则苛疾不起，是谓得道”，说明人只有顺其自然界的变化，才能养生防病。
可见随着年、月、日、时的变化，人体也相应呈现出不同的生理规律和病理变化，对各种治疗方法的敏感性也会有所不同。古人正是观察到了日月星辰运行的规律，认识到时间变化对人体的影响，在长期的临床实践中将时间因素与针刺有意识地加以结合，从而逐渐形成了子午流注学说。
（二）经脉气血流注
经脉气血的循环流注是子午流注开穴的必要条件。
古人将经脉气血的运行与自然界中的水流和日、月运行联系起来，提出了气血按时流注、循环不息的观点。《灵枢·痈疽》记载：“经脉流行不止，与天同度，与地合纪……夫血脉营卫，周流不休，上应星宿，下应经数。”《灵枢·逆顺肥瘦》云：“脉行之逆顺奈何？……手之三阴，从脏走手；手之三阳，从手走头；足之三阳，从头走足；足之三阴，从足走腹。”《难经》云：“经脉者，行血气，通阴阳，以荣于身者也。其始从中焦，注手太阴、阳明；阳明注足阳明、太阴；太阴注手少阴、太阳；太阳注足太阳、少阴；少阴注手厥阴、少阳；少阳注足少阳、厥阴；厥阴复还注手太阴。”元代滑伯仁《十四经发挥》云：“始于中焦，注手太阴，终于注足厥阴，是经脉之行一周身也。其气常以平旦为纪，以漏水下百刻，昼夜流行，与天同度，终而复始也。”此说明十二经脉首尾相贯、依次衔接，气血循经脉依次传递流注。其流注是从手太阴肺经开始，阴阳相贯，首尾相接，逐经相传，到肝经为止，后又复注入肺，从而构成了周而复始、如环无端的流注系统。
随着时间不同，经脉气血可出现周期性的盛衰变化，如同海洋潮汐，有涨有落，气血流注某经，如潮汐之涨，则某经气血旺盛，气血行离某经，如潮汐之落，则气血衰退。元代王国瑞《扁鹊神应针灸玉龙经·地支十二属》记载：“十二经行十二时，子原是胆丑肝之，肺居寅位大肠卯，辰胃流传巳在脾，午字便随心脏定，未支须向小肠宜，申膀酉肾戌包络，唯有三焦亥上推。”明代杨继洲《针灸大成·卷五》更简化为：“肺寅大卯胃辰宫，脾巳心午小未中，申胱酉肾心包戌，亥焦子胆丑肝通。”此对气血在十二经脉中流注与十二地支对应关系进行了确定，明确了气血在十二经脉中流注与十二时辰的关系。气血在十二经脉中的运行盛衰，为子午流注针法的按时取穴奠定了基础。由于人体的气血按照一日十二个时辰的阴阳消长而有规律地流注于经脉之中，而人体的各种功能也随着时辰的推移发生周期性的变化，故针刺治疗亦当依气血盛衰的规律而按时循经取穴。
（三）候气逢时针刺
候气逢时针刺，即因时制宜针刺，是子午流注的指导原则。
候气逢时针刺是天人相应思想在中医治则中的体现，强调在针刺治疗时，应因时制宜，顺应天时而治。《黄帝内经》中非常重视气候的变迁、日月的运转、昼夜的交替等自然界变化与人体生理活动、病理变化的密切关系，并逐渐认识到把握时间进行治疗的重要性，为按时取穴奠定了基础。《素问·四时刺逆从论》中说：“春气在经脉，夏气在孙络，长夏气在肌肉，秋气在皮肤，冬气在骨髓中。”其说明春夏人气浮越于体表，秋冬则深藏于里。根据这一规律，《灵枢·四时气》提出了“春取经、血脉、分肉之间，甚者，深刺之，间者，浅刺之；夏取盛经孙络，取分间绝皮肤；秋取经俞，邪在腑，取之合；冬取井荥，必深以留之”的四时针刺法。《素问·八正神明论》中说：“凡刺之法，必候日月星辰，四时八正之气，气定乃刺之……天寒无刺，天温无疑。月生无泻，月满无补，月郭空无治，是谓得时而调之。”其指出针刺应候适当时机而进行。《灵枢·卫气行》曰：“谨候其时，病可与期；失时反候者，百病不治。故曰：刺实者，刺其来也；刺虚者，刺其去也。此言气存亡之时，以候虚实而刺之。是故谨候气之所在而刺之，是谓逢时。病在于三阳，必候其气在于阳而刺之；病在于三阴，必候其气在阴分而刺之。”其说明针刺时谨遵气血盛衰、气机开阖时机则可达到期望的治疗效果。《素问·缪刺论》云：“凡痹往来行无常处者，在分肉间痛而刺之，以月死生为数，用针者，随气盛衰以为痏数，针过其日数则脱气，不及日数则气不泻。左刺右，右刺左，病已，止；不已，复刺之如法。月生一日一痏，二日二痏，渐多之，十五日十五痏，十六日十四痏，渐少之。”其指出以月亮的圆缺推算针刺的时间和次数。《灵枢·阴阳系日月》中提道：“正月、二月、三月，人气在左，无刺左足之阳；四月、五月、六月，人气在右，无刺右足之阳；七月、八月、九月，人气在右，无刺右足之阴；十月、十一月、十二月，人气在左，无刺左足之阴。”其提出了人体经络气血流注随一年四季的变化在各月份足部都有禁刺经脉，强调了时间因素在针灸效应中的重要作用。