自然科学的理论框架分四个基本层次，即普通基础层次、基础学说层次、基础学科层次以及分支应用学科层次。基础学说的突破，完善、促进了基础学科的发展；基础学科的发展与分化，促进了分支应用学科的细化。邓中甲先生十分重视中医学理论层次的分析，认为传统中医学基础理论的第一个层次就是中医基本思维原理，先生将其总结归纳为唯物论、恒动性、辩证法、整体观。此说有助于习研中医者对中医基础学说的理解和深入，对基础学科以及分支应用学科的发展亦有重要意义。
