大沙鼠在新疆境内分布于伊犁谷地与准噶尔盆地，以及哈密盆地和七角井山间盆地等。新疆之外，我国甘肃西部、宁夏、内蒙古，以及中亚、蒙古、伊朗、阿富汗等荒漠也有分布。分布于准噶尔盆地的为大沙鼠准噶尔亚种。

在与我国毗邻的国家，大沙鼠中的鼠疫自然疫源地早已确定。我国从50年代开始对大沙鼠分布地区进行过多次考察，但一直未能发现鼠疫在该种啮齿动物中的活动。

2005年由于一次偶然的机会，在准噶尔盆地野外发现自行死亡的大沙鼠尸体，并从中分离获得鼠疫菌，从而确定了鼠疫自然疫源地的存在。对这种类型的鼠疫自然疫源地的深入调查和研究工作正在进行，从其所处的自然环境、染疫动物、媒介种类以及初步调查的流行特征可以认为，这是一类与我国已知鼠疫自然疫源地均不相同的疫源地，但与毗邻国家大沙鼠中的鼠疫疫源地是否属于同一性质尚待确定。按照我国对鼠疫自然疫源地命名的惯例，对本类型疫源地暂定名为准噶尔盆地大沙鼠鼠疫自然疫源地。

准噶尔盆地呈三角形，底边在南部，东西长700多千米，南北最宽处为450km，面积约18万平方千米。盆地的总地势向西南倾斜，北部略高于南部，平均海拔约500m，北部和东部多在700m左右，最低处为西南隅的艾比湖低地，海拔仅189m。初步划定发现鼠疫的地区介于东经82°45′~93°00′，北纬44°30′~45°20′，总面积16万km ²，涉及准噶尔盆地梭梭荒漠及准噶尔西部山地山间谷地梭梭-麻黄砾石荒漠。气候干旱，冬季严寒，夏季酷热，土壤为灰棕色荒漠土和荒漠灰钙土，植被以小半乔木和小半灌木为主，覆盖度在10%~40%，局部可达70%。

据张渝疆等的调查，在准噶尔盆地的21个县（市）区域内，共记录小型哺乳动物7科11属17种，其中啮齿动物13种，主要有大沙鼠、子午沙鼠、柽柳沙鼠、红尾沙鼠、三趾跳鼠、长耳跳鼠、五趾跳鼠、大五趾跳鼠、小五趾跳鼠、灰仓鼠、短尾仓鼠、长尾仓鼠、小林姬鼠、小家鼠等，此外还有鼩鼱、鹅喉羚、蒙古兔、狼和沙狐等。

大沙鼠主要分布于海拔300~1200m的库尔班通古特大沙漠边缘的环行梭梭荒漠，以及艾比湖盆地周围的阿拉山口、精河一带的梭梭-麻黄砾石荒漠，偶尔可见于海拔2000m的梭梭荒漠。栖息地与梭梭、琵琶柴、沙拐枣、白刺等灌木的分布相一致。在这些地区内大沙鼠以群居方式形成群落分布，洞群覆盖率为22.50%，洞群平均密度15.90只/公顷，洞群平均栖息率为70.20%，有鼠洞群平均鼠密度为3.10只/洞群。大沙鼠为这一地区的优势种，占总捕获率的72.90%，平均鼠密度34.4只/公顷。

子午沙鼠也是这一地区的广布种，在这一地区呈弥漫分布，与大沙鼠群落伴生栖息，占总捕获率的24.50%，夜间活动鼠类捕获率的64%。

发现该疫源地在我国的活动后，只在大沙鼠和子午沙鼠中检出鼠疫菌，大沙鼠中检出鼠疫菌15株，检出率1.21%；子午沙鼠中检出鼠疫菌2株，检出率0.16%。在大沙鼠中检出鼠疫抗体164份，阳性率12.10%；子午沙鼠中检出9份，阳性率0.70%；毛蹠跳鼠中检出1份，阳性率0.90%。

在前苏联中亚各国的研究中，已经确定了大沙鼠主要储存宿主的性质，主要根据为从该种中分离鼠疫菌的数量，对鼠疫的感受性特征，以及其慢性感染转为急性化的能力。我国的研究工作正在进行中。目前的调查表明，大沙鼠为当地的优势种，也是染疫数量最多的种，可以确定为该疫源地的主要储存宿主。

在提出增强宿主概念时，大沙鼠鼠疫疫源地曾被作为例证。当时认为，大沙鼠对鼠疫的抗性过高，难以独力支持疫源地的存在；而柽柳沙鼠对鼠疫十分敏感，从大沙鼠获得感染后，能引起猛烈流行，从而增强疫源地的活动，在维持疫源地存在中也起重要作用。在该疫源地中，柽柳沙鼠数量很少，而子午沙鼠则为广泛分布的种类。子午沙鼠可以感染鼠疫，抗体阳性率不高，推测具有较高的敏感程度。但实际观察表明，在大沙鼠中鼠疫猛烈流行的同时，子午沙鼠中鼠疫菌分离的阳性率却很低，因而似乎并不具备增强宿主的特征，仍需要积累更多的监测数据。目前可以认为其参与大沙鼠鼠疫流行，可为次要宿主。

发现该疫源地的活动后，在疫源地区内已记录蚤类8科10属19种，主要有臀突客蚤、簇鬃客蚤、粗鬃客蚤、长吻角头蚤、叶状切唇蚤突高亚种、无额突怪蚤、后弯怪蚤、秃病蚤指名亚种、真凶中蚤精河亚种、同形客蚤指名亚种等。

大沙鼠染蚤率高达84.90%，发现16种蚤寄生，总指数8.58。其中居首位的为簇鬃客蚤，在所有的调查地区均有分布，指数4.32；秃病蚤指名亚种和叶状切唇蚤突高亚种只在少数地区未曾检获，但指数较低；臀突客蚤和粗鬃客蚤指数较高，但只分布于部分地区。

子午沙鼠的染蚤16种，染蚤率为38.30%，总蚤指数1.15，以簇鬃客蚤、秃病蚤指名亚种和同形客蚤指名亚种为主。值得注意的是，大沙鼠和子午沙鼠的寄生蚤多为广寄主种，主要的15种蚤类在大沙鼠、子午沙鼠和红尾沙鼠体表均可检获。

发现染疫的蚤有簇鬃客蚤、臀突客蚤、同形客蚤指名亚种和长吻角头蚤，其中臀突客蚤中分离6株鼠疫菌，其余均为1株。

该疫源地的主要媒介目前还难于确定，需要进一步的监测数据，可能不止一种。其中臀突客蚤特别值得注意，该蚤的染菌率最高（0.29%），指数也高（大沙鼠体表1.39），在鼠疫活动地区多有阳性发现（呼图壁、玛纳斯和阿拉山口，这3个疫点分离的鼠疫菌株数占总数的76.90%），然而，这种蚤只发现于20个检测点中的7个，还有3个鼠疫菌检出阳性的疫点未发现这种蚤的分布，因此，这种蚤可能不是该疫源地唯一的主要媒介。簇鬃客蚤为大沙鼠的主要寄生蚤，也可以感染鼠疫，是否也应为主要媒介需要进一步确定。

对从该类型疫源地区中分离的14株鼠疫菌已进行了初步鉴定，菌株的生化特征与中亚荒漠鼠疫疫源地的菌株相同，而与我国灰旱獭疫源地的菌株有较大的差异，属于沙鼠型，主要为麦芽糖、阿胶糖、甘油阳性；鼠李糖与脱氮阴性。毒力测定显示，小白鼠对这些菌株的敏感性和耐受性个体差异较大。

大沙鼠鼠疫通常在一年任何季节均可发生，但流行强度因季节不同而有所差异，呈双峰型。早春的交尾活动、越冬幼鼠的分居等导致活动范围扩大，加之越冬时饲料缺乏，机体状况不佳，有利于鼠疫在动物间传播，因而出现春季动物鼠疫流行高峰。夏季气温酷热，大沙鼠活动性降低，机体状况尚佳，动物鼠疫流行处于低潮。秋季是大沙鼠为越冬储备饲料积极活动的季节，加之因酷夏的影响，生理状况下降，导致动物鼠疫流行出现秋季高峰。冬季严寒，大沙鼠活动性大幅下降，个体接触机会减少，动物鼠疫流行随之减弱。一般说来，大沙鼠鼠疫流行强度不大，甚至很难发现大沙鼠疫鼠，但有时在一些局部地域，由于数量高且敏感性增强，表现为急性感染的疫鼠也常发现。大沙鼠之间鼠疫病的传播主要是通过媒介蚤完成，其他鼠类，如子午沙鼠、红尾沙鼠等的介入，使鼠疫向大沙鼠数量稀少的地段传播，更有利于鼠疫自然疫源性的稳定。