肾活检组织光镜标本的制作包括固定、脱水、透明、浸蜡、包埋、切片和染色等步骤。

供光镜检查的肾穿刺组织尽快浸入固定液，常用固定液为10%中性甲醛和95%乙醇溶液。也可用FAA混合液，包括10%甲醛10ml、冰醋酸5ml和95%乙醇85ml。固定液可置于室温或4℃环境中，不可冷冻。

脱水的目的是去除组织中的水分，便于石蜡充分浸入组织内。逐级使用升高浓度的乙醇依次脱水：70%→80%→90%→95%→无水乙醇。

透明的目的是将不能与石蜡结合的脱水剂即乙醇置换出来，使能与石蜡结合的媒介剂浸入，并使组织透明。常用的透明剂是二甲苯。

经透明的组织移入石蜡中浸泡浸蜡。浸蜡是使组织有一定支撑物，便于切片。浸蜡3～4小时。

浸蜡充分的肾组织用石蜡包埋，便于在切割机上切片。

石蜡切片厚度以2～3μm为宜。

染色前需要脱蜡，将石蜡切片中的石蜡溶解。常规进行苏木素-伊红染色（HE）、过碘酸雪夫反应染色（PAS）、六胺银染色（PASM）和马松三色染色（Masson染色）。HE染色是病理检查必用的常规染色方法，主要观察细胞核进而辨认细胞种类、观察肾小管上皮细胞变性和萎缩，是理想的染色方法。PAS染色可观察到糖原物质，并可显示基底膜和系膜基质，而PASM对基底膜的显示更为精细。Masson染色除显示基底膜外，尚可观察一些特殊蛋白的沉积，如免疫复合物等。