第一节 朱希祖生平

一、家世童年

朱希祖，字逖先，亦作逷先、迪先,1879年2月1日（清光绪五年己卯，正月十一日寅时），生于浙江省海盐县上水村的得月楼。父亲朱永檠是庠生，在当地以教书为业。母亲沈氏。朱希祖是次子。

浙江，自南宋开始就成为中国政治、文化中心，明清二代，更是学术荟萃之乡。朱希祖的出生地——浙江海盐，早在秦朝时期就设置了郡县，因“海滨广斥，盐田相望”而得名，素有“桑蚕之府，鱼米之乡”的美誉。地灵人杰，群贤璀璨，远有小说家干宝，诗人顾况，戏曲家杨梓，文学家、藏书家胡震亨；近有出版家张元济，漫画家张乐平，哲学家陈大齐等。可谓名人辈出，源远流长。

（接上页）（《朱希祖与郦亭藏书》，《江苏图书馆学报》2001年第5期）蒋大椿、陈启能：“朱希祖，字通先。”（《史学理论大辞典》，第591页）此处很可能是笔误。

朱氏是浙西的名门望族，据朱希祖的《海盐尚胥里派朱氏本宗录》记载，朱氏先世系出吴郡，先迁于歙县之黄墩，再迁于安徽婺源。元朝元贞年间，始迁祖勉轩公朱顺任嘉兴路主簿，开始居住在海盐城东，从此，朱氏家族落户海盐。三世祖悦山公朱懋卿，任郴州学正，于元顺帝后至元年间，才开始定居在尚胥里上水村。在朱氏家族迁至海盐后的五百多年里，诗礼传家，久而不衰，代代都有才子闻人出现。仅明清两朝，朱氏家族就出了十三位进士，其中翰林一人，状元一人。朱希祖的高叔祖虹舫公，嘉庆辛酉进士，翰林院编修。曾叔祖朵山公朱昌颐，道光丙戌进士，殿试第一，授翰林院修撰。族祖朱琰可以称得上是一位历史学家，所著《陶说》六卷，是我国第一部完善的“古陶瓷史”，记述陶工历史，“最为详备”，“为工业史之模范”。族祖朱有虔是章太炎的外祖父，有深厚的学问功底，治学严谨，曾对章氏进行过系统的文字音韵学教育，还以明清遗事激发章太炎的民族意识，使其“排满之思想，遂酝酿于胸中”。

曾祖彦山公朱美镠，历官云南蒙化厅经历，浙江泰顺县知事。祖父达庄公朱衢康，候选从九，五品军功，候选县丞。父亲子庄公朱永檠没有担任官职，在本邑作教书先生。朱希祖尝作诗云：“吾家始迁祖，卜葬陈湾山，自元迄今兹，阅世五百年……忆昔族繁衍，子姓累百千，或读而著书，或耕而辟田；或仕而尽瘁，或商而贸迁，各自食其力，家室庆轰阗……吾侪幸努力，各着祖生鞭，勉成栋梁才，摧折愈贞坚……”由此可见朱氏家族在浙西的发展状况。

朱希祖六岁（清光绪十年甲申）入家塾，由其父亲自讲授经史之学。八岁时（清光绪十二年丙戌），父亲赋诗鼓励他努力学习，因诗中有“早着祖生鞭”一句，赐名希祖，字曰逖先。祖生即“祖逖”，意思是希望他像祖逖一样，年少时就立下报效祖国的大志，奋发进取，有所作为。这就是朱希祖名字的来历。由于他聪颖好学，深得家人器重。先叔祖紫仙公工诗善画，曾特意绘松柏于扇，并题诗以赠。诗云：“努力诗书正少年，愿伊早着祖生鞭。勉为大器成松柏，期望深心画里传。”勉励朱希祖刻苦努力，早成大业。传统的家庭教育，使朱希祖从小就饱读经史，这为他后来的史学研究奠定了坚实的基础。

二、求学求职

1892年（清光绪十八年壬辰），父亲突然得病去世，使得这个本来就不算富裕的家庭陷入困顿。而这对年仅十四岁的朱希祖来说，更是一个莫大的打击，随父读书的幸福时光就这样过早地结束了。从此，他担负起家庭的重担，东奔西走，一边拼命学习，一边挣钱谋生，备尝人间艰辛。直到晚年，他回忆父亲病逝的情形，还说：“是年夏先君得病，至月末竞弃养，以致余不克卒业左传，抱恨终天，常不忍温读左传。今录襄公十年以前幼时所读，如旧相识，每联忆旧日家庭状况及乡里故人情好，汉高祖所谓吾魂魄犹思故乡，诚至情之语也。”

甲午战争失败后，西方列强掀起瓜分中国的狂潮，中华民族面临“亡国灭种”的危机。腐败无能的清政府无力应付时局，逐步沦落为列强的傀儡。内忧外患进一步促进了中华民族的觉醒，维新运动、革命运动正风起云涌，作为名门之后的青年知识分子，朱希祖也深受时局影响，开始思考各种社会现象，思想倾向进步。

在爱国主义精神的熏陶下，他加倍努力地读书，力图走科举之路报效国家。1895年，在春游嘉兴落帆亭时，朱希祖作五言绝句，云：“击楫快中流，壮心本未已，暂落此间帆，前程犹万里。”表达了他对未来的无限信心。1896年，朱希祖考中了秀才。1901年，又考中廪生。为维持全家生计，他开始收徒讲学，生活有所好转。

然时局的发展却是出人意料的。在经历了戊戌变法的鼓荡、义和团运动的冲击和八国联军入侵等事件之后，清政府于1901年开始推行新政。其中，派遣留学生的措施，使部分青年学子走进了西洋和东洋的新式学堂，也改变了朱希祖的求学之路。1902年，朱希祖到苏州授徒讲学，母亲去世。为了照顾年幼的弟弟，他遵从当地风俗提早结婚。妻张维，出自海盐名门，是出版家张元济的堂妹。1903年，由于赴杭州参加乡试不第，朱希祖调整了自己的奋斗目标，开始倾向西式学堂，后随包培之先生学习英语。1905年，浙江省官费选派100名留日学生，专攻师范，俗称“百名师范”。二十七岁的朱希祖参加了考试，名列前茅。当年七月，他偕同乡邑人徐冕伯、陈让旃赴日本东京，留学日本早稻田大学师范科。

早稻田大学原为东京专门学校，于1882年创建，是日本私立综合性高等学校。1902年9月改为大学。该校创始人大隈重信以“学问的独立”、“知识的实际应用”以及“造就模范国民”为办校方针，主张学术自由，提倡独创精神，培养了不少适应社会需要的人才。早稻田大学与中国很早就有文化交流活动，1905年还专门成立了清国留学生部，其招收中国留学生的规模之大，居日本各大学榜首。

朱希祖于1905年到该校学习，四年的留学生活使他深深地融入这里的学术氛围中。朱希祖一方面惊叹和羡慕日本的先进，另一方面又时常感到“家国之忧，齐煎我心”。他不断反思中国落后的原因，寻求强国之路，认为“治国先治家，兴家必从女学入手”，于是，鼓励妻子张维创办海盐历史上第一所女校，“开通风气，振兴人才”。后来，虽家中生活极其困难，但他不顾家人的劝止，依旧支持兴办女学。

明治维新以后，日本迅速走上资本主义道路，经济、政治、思想、教育和学术各方面都紧紧追随西方，一度欧化盛行。从19世纪90年代开始，国粹主义兴起，学术上重视民族传统。朱希祖到日本留学时，日本的学风正处在这一转化时期。受其影响，他认识到中西史学要兼容并包，学习西方史学理论和方法决不能丢弃自己的民族传统。后来，他在北大主持史学系时就实践了这一思想，对于引进外国先进知识、沟通中西文化起到不可忽视的作用。可以说，早稻田的这段经历是他一生治学的转折点，他从一个旧式的秀才、廪生转变成为思想进步、知识全面的留学生——新型的知识分子。留学生涯不仅使他开阔了眼界，了解到当时世界学术的发展状况，而且，结识了一大批文人学者，其学术交游活动也由此开始。

留学日本期间，有两个重要人物对他的学术和人生产生了极大的影响，一是孙中山，一是章太炎。孙中山当时正在东京组织成立同盟会，宣传革命，朱希祖每每前往听讲，感慨万千，他为孙中山的“三民主义”所倾倒，愈加痛恨腐朽没落的清政府，从思想上转化为一个革命者。1908年，他与周树人、钱玄同、许寿裳等人共同参加章太炎的国学讲习会，学习《说文》和音韵，成为最早的“太炎弟子”，由于他学习特别勤奋，做事有条不紊，颇得先生赏识，被封为太炎门下的“太平天国五王之一”。而朱希祖也特别感激老师的青睐。他常与老师一起切磋学问，而谈论最多的还是史学。他平生用心最深的南明史研究，就是在章太炎民族主义的激励下开始的。

1909年，朱希祖从日本归国，与周树人、许寿裳、马裕藻等人一起任教于浙江两级师范学堂。这是一所刚刚建立起来的新校，先是沈钧儒担任学堂监督，后来，换上了素负重名的“理学家”夏震武，此人思想非常顽固（外号“木瓜”），提倡所谓“廉耻教育”，一进校就要求全体教师以下属见上司的礼仪参见，并声称“教员反抗则辞教员，学生反抗则黜学生”。朱希祖、周树人等人联合师生发起反封建礼教的斗争，最终，迫使学监夏震武辞职。这就是所谓的“木瓜之役”。之后，朱希祖到嘉兴第二中学任国文教员。

时值辛亥革命前夜，全国各地的民主运动不断高涨，朱希祖也积极参加革命活动。他的学生茅盾在《我走过的道路》中谈到：“国文教师有四：朱希祖、马裕藻、朱蓬仙、朱仲璋。最后这位朱老师是举人，是卢鉴泉表叔的同年，我确知他不是革命党，其他三位都是革命党。但他们教的是古书。朱希祖讲授《周官考工记》和《阮元车制考》，这可说专门到冷僻的程度。”茅盾把朱希祖和其他几位嘉兴府中学堂的老师作为革命党人。可见，老师们的革命精神在少年茅盾心中留下了深刻的印痕，有着铭心的记忆和影响。

1911年辛亥革命爆发，各省响应。朱希祖也走出书斋，积极投身于光复嘉兴、杭州等地的斗争中。清王朝土崩瓦解后，朱希祖携眷归里，担任海盐县民事长，后为知事（即县长）。他主政时，大力推行民主政策，提倡发展工业，开办新式学堂，积极引导民众剪辫子、放小脚，还在全县开展破除迷信、严禁鸦片等活动。由于他破旧立新的做法卓有成效，所以，深得家乡民众的拥戴，但从政“甚非素愿”，半年后，朱希祖就接受浙江省教育厅厅长沈钧儒的聘请，到省教育厅任职。去职离别之时，邑人扶老携幼，遮道请留，可见其惠泽百姓之深。

三、进入北大

早在日本留学时期，朱希祖就曾慨叹“中国无文典教科书”、“无字典”、“无字音教科书”、“又无各种专门学词典”，所以，中国人“读书通文”很难，读书人很少，国民素质低下。他认为“苟有人出全力以成此四种书以振兴文学，亦一兴国之大业也”。于是，设想参酌东西教科书及各种字典、词典来编制中国的工具书，几年之后，他果然获得一个大显身手的机会。

1913年正月，教育部在北京召开国语读音统一会，朱希祖作为浙江省代表出席会议。与会代表提出了多种议案，“卢赣章等建议自定符号，杨曾诰等建议以罗马字为字母，王怡安等建议用汉语偏旁为字母，众说纷纭，久争不决”。朱希祖则独议，择古文篆籀径省之形为字母，既采其形，又符合其本音。凡声母二十四，韵母十二，介母三，称注音字母。最后，议长吴稚晖和与会大多数代表认为该方案“贯穿音韵，简易理得”，遂决议通过了朱希祖的提议。国语从此有了注音符号，这就是中国第一套汉字注音方案。在1958年《汉语拼音方案》公布之前，它一直被国人使用了40多年，极大地便利了人们学习和掌握汉字，对于汉字正音、传播普及文化知识起到很大作用。朱希祖也因此而名播京师学界，当即被北京大学校长何燮侯和预科学长胡仁源聘为预科教授。

不久，朱希祖就成为北大的著名教授之一。由于章太炎在政界和学界都颇有威望，作为章氏的得意弟子，他在北大自然也令人刮目相看。沈尹默本来不是章太炎的弟子，但“挂了太炎先生门生的招牌”进入北大，还倍受重视，由此，朱希祖的地位就可想而知了。朱希祖和沈尹默还不断引荐其他“章门弟子”进入北大，如沈兼士、黄侃、钱玄同等，他们“兼采旧学与新学，注重考据训诂，以治学严谨见称”。使这种学风很快成北大文科的主流，取代了崇尚宋儒理学的桐城派。

因反对袁世凯复辟帝制，章太炎被软禁在北京的钱粮胡同。朱希祖与其他“章门弟子”多方奔走，营救保护其师。此时，朱希祖常请教一些中国文学史的相关问题，他编写的《中国文学史讲义》，就是由章太炎指导和审阅的。后来，此书流传很广，颇得好评。

1914年，欧战爆发，西方列强因忙于战争，暂时放松了对中国的侵略，中国民族资本主义有了较大发展，资产阶级力量也得到了进一步的增强。但辛亥革命后的“民国”依然是帝国主义和封建势力把持的政权，资产阶级为争取自由、民主还在不断地进行斗争。朱希祖的治史活动也能反映出此时新旧之间的矛盾。他被清史馆馆长赵尔巽聘为协修后，积极参与讨论纂修体例，并撰写了《清史宜先修志表而后纪传议》和《清史稿·选举志》的一部分。但因赵尔巽赞成袁世凯密谋帝制，背叛民国，朱希祖羞与为伍，愤而辞职。

1916年底，蔡元培出任北京大学校长，提出“兼容并包，思想自由”的主张，为资产阶级新文化的发展开辟了道路。首倡新文化运动的领袖人物陈独秀也被邀请到北大，担任文科学长，积极宣传民主、科学，倡导文学革命，北京大学成为新文化运动的中心。这一时期，朱希祖的思想发生急遽变化，他不仅婉拒了以保守闻名的《国故月刊》杂志社的邀请，而且，与陈独秀、胡适等人共同提倡白话文学，在《新青年》等刊物上连续发表文章，支持新文化运动。他的《文学论》、《白话文的价值》、《非“折中派的文学”》和《敬告新的青年》等文章，都表明了他思想观念的变化。他还率先翻译了日本作家厨川白村的《文艺的进化》，认为“吾国文艺若求进化，必先经过自然派的写实主义，注重科学的制作法，方可超到新浪漫派的境界”。与此同时，朱希祖也改变了对子女的教育方式，不再进行亲自授读，而是把他们送入新式学堂。

随着新文化运动的发展，西方各种学术思想如潮似水，纷至沓来，在中国的新史坛上自由驰骋。一些西方思想界的领军人物，如杜威、罗素等来华讲学，则进一步扩大了西方学术思想的影响。虽然，朱希祖在这一时期发表的史学类文章相对较少，但从他的政论和文学类文章来看，其思想是紧跟时代发展的。

1919年4月，以胡适为首，包括朱希祖、钱玄同、刘复、周作人、马裕藻在内的六位教授联名提出《请颁行新式标点符号方案》，要求政府颁布通行“,。; :? ! ——（）《》”等“新式标点符号”, 1920年2月，得到批准。我国第一套法定的新式标点符号诞生，促进了汉语文化的发展。

1919年，“五四运动”爆发，北京大学学生游行示威，要求“外争国权，内惩国贼”。朱希祖支持学生运动，积极奔走校务。由于“法科被军警围占，师生多人被拘”，他与胡适、陈大齐、钱玄同等人联名发表致全校教职员函，“呼吁召开教职员紧急大会，磋商办法”。

1919年8月，学校实行教育教学改革，史学门改组为史学系，以康宝忠（字心孚）为史学系主任。朱希祖入史学系，开设了中国“史学史”课程，对于史学史学科的建立具有开创性意义。11月，康宝忠去世。经蔡元培校长推荐，朱希祖继任史学系主任。他以欧美新史学思想为指导，主张“以科学方法为治史阶梯，谓历史为社会科学之一，欲治史学，必先通政治、经济、法律社会诸学”，对史学系课程进行改革，设置了多种必修和选修科目：“（1）史学的基本科学，如社会学、社会心理学、人类学、人种学、政治学……为必修科目也。（2）史学的辅助科学，如目录学、沿革地理、人文地理、地史学、金古学……为选修科。（3）史学史及史学原理等，如历史学、中国史学概论……为必修科。（4）中外通史及断代史，如中国通史、上古史、秦汉史……近世史、美国史，皆为必修科。（5）专门史……皆为选修科。（6）第一、第二外国语都是必修科。”他在教学中引进西方史学理论与方法，还聘请著名史家来史学系任教，由李大钊讲授“唯物史观研究”、“史学思想史”、“史学要论”，又让从美国归来的何炳松讲授“史学原理”、“历史研究法”。总之，他的课程改革目的就是“希望我们中国也有史的发展”。改革措施实施后，国内公私大学历史系纷纷效仿，使中国史学得以跻身于科学之林。朱希祖将历史学与各种社会科学紧密结合的做法，促进了中国史学的独立化和现代化。

1920年底，朱希祖与郑振铎、叶圣陶、沈雁冰等十二人，发起成立了文学研究会。他负责为诗歌组召集诗人，倡导“文学为人生服务”。1922年1月，他又参与组织北京大学研究所国学门，这是近现代史上成立较早的一个专门学术研究机构，蔡元培任委员长，朱希祖与李大钊、胡适、钱玄同等人任委员。

1922年5月，朱希祖不辞辛苦，与蔡元培、沈兼士等人一起为北大争取到历史博物馆残存的内阁大库档案1502麻袋，设立并主持明清档案整理会，拟定整理办法，指导北大史学系学生整理。办法分为三步：首就档案的形式分类，区分年代；次则编号摘由；再次者则研究、考证，并分类统计。已整理就绪者，送入陈列室，供学者研究，并在《北京大学日刊》公布其事由。他们提出的整理档案办法后来被文献馆、史语所整理档案时反复运用，成为整理内阁大库、军机处、内务府、清史馆及刑部等各类档案的基本方法。1922年11月，朱希祖发起成立了北京大学史学会，鼓励学生们开展学术合作，利用课外时间进行“分工的研究”和“自动的研究”。

1923年夏，应陕西督军刘镇华之请，与陈大齐等人联袂西上，入关中讲学，遍访古迹，摹拓汉唐石刻，购置史料。10月，接受同门许寿裳邀请，兼任北京女子师范大学教授，讲授中国文学史。当时，各派军阀都依靠帝国主义支持，极力扩大自己的地盘，混战不已。南方革命党人势力不断壮大，反帝反封建的革命形势也在向前发展。1924年1月，国民党“一大”召开，国共合作实现，轰轰烈烈的国民大革命开始。受革命形势的影响，10月，冯玉祥将军发动了“北京政变”，将溥仪赶出故宫。11月清室善后委员会成立，朱希祖应聘参加了故宫所藏文物的清点工作。

1925年3月，孙中山先生逝世，时局更加动荡。帝国主义列强干涉中国革命，封建势力也不甘心失败。1926年3月，日本军舰炮轰大沽口，八国公使也借口《辛丑条约》威胁中国，北京学生为捍卫国家主权，抗议帝国主义暴行向政府请愿，然而学生们却遭到枪击，这就是“三·一八”惨案。1927年，北洋军阀张作霖自沈阳入京，杀害共产党员李大钊等二十余人，整个北方陷入白色恐怖之中。朱希祖站在反帝反封建的立场上，与敌人进行斗争。在刘哲改组北大时，他愤然辞职，改任清华、辅仁大学教授。他常常慨叹国难如此，于是，刻意搜求南明史籍，撰写了许多题跋，以阐扬民族大义。

1926年，北大国学门考古学会与日本的东亚考古学会组成东方考古学协会，朱希祖与沈兼士等一批热衷于考古的北大学者联名参加，该会计划以联合发掘、举办演讲、互派留学等方式，共同推进东方考古事业。然而，实际上东方考古学协会只是象征性地进行了几次合作考古发掘和调查。由于双方实际利益和态度的差异，再加上中日关系经历的重大风波（尤其是1928年5月3日日本制造的“济南惨案”），使合作形势急转直下。1929年10月，作为协会委员的朱希祖，取消了本来预定发表的演讲。他不但没有做报告，反而向北大考古学会和东方考古学协会提出辞呈，表达了参与其中的中国学者对日方诚意的怀疑和对日方所作所为的强烈不满。

1928年10月，朱希祖被聘为天津《益世报·学术周刊》的主编，又参加了由张继发起的满蒙新藏研究会，还被推举为故宫博物院审查《清史稿》的主任。年底，发起组织中国史学会。1929年1月13日，中国史学会正式成立，朱希祖当选为主席，这是中国最早的全国性的历史学会。它的成立，标志着史学在学科体制上实现了真正的独立。2月，应北京大学院院长陈大齐邀请，朱希祖重返北大，仍为史学系主任。

朱希祖反思了前一阶段在史学系推行的课程改革，在继续推进改革的同时，注意到一些措施的可行性，使得课程设置趋向完善和合理。然由于派系矛盾和实际教学中的许多困难，朱希祖被迫引咎辞职。从此，章门弟子在北大终成式微之势，章门弟子以及与章门关系密切的教师，先后离开北大。以蒋梦麟、胡适和傅斯年为代表的英美派在北大掌握了权势。

四、南下广州

1931年初，朱希祖辞任北京大学史学系教授和主任，随即入中央研究院任研究员，着力于明清史研究。9月18日，日本军人发动震惊中外的沈阳事变，不到半年，东北沦陷。日本帝国主义的侵略激起了全国人民的义愤，抗日呼声响彻大江南北。朱希祖深痛国难严重，更加重视研究南明史乘，以发扬民族精神。

1932年9月，接受国立中山大学校长邹鲁电聘，朱希祖南下广州，任中山大学教授兼文史研究所所长。他认为广州是“南明诸王兴兵抗满之地”，适于实地考察南明史迹，而且，中山大学是孙中山先生所创，“关系中国学术前途至钜”，所以，非常愿意前往。途中，他造访了朱明旧院遗址，并赋诗抒发自己的感慨：“长板桥头留古迹，秦淮河畔吊残基。风流已逝桃花扇，仇衅犹寻燕子词。旧院荒凉悲夜月，新歌宛转似明时。南朝多少兴亡恨，莫作渔樵闲话提。”到达广州后，朱希祖受到优厚的礼遇，邹校长为他安排了最好的住房，“房舍精洁，花木秀美”。他感到南方的一切都是新奇的，“所见多与中部北部异，俨如新辟天地，饶有趣味”。

在中山大学史学系，朱希祖讲授中国史学概论、《史通》研究、元明史三门课程。据他的弟子回忆，选他的课的学生很多，“上课时常极拥挤”，尽管他“说话带着颇重的浙江土音”，但这丝毫“没有减低同学们听讲的兴趣”。朱希祖还建议招收研究生，并由学校给研究生发放与助教同样的生活补贴，这些意见很快变为“开风气之先”的举措，使中山大学拥有了足够的研究人员，壮大了文史学研究所的学术力量。

在繁重的工作之余，他四处探访历史遗迹。如，搜寻南明绍武君臣冢，登临观音山镇海楼，拜谒中山纪念堂等。1933年5月，朱希祖与校长邹海滨、同事吴康、萧冠英等人再次谒绍武君臣冢，他倡议修筑围墙，重葺墓门，以存一代君臣遗迹。又作《恭谒南明绍武君臣冢记》，详细记录了他们对该墓地文物的考察情况。

朱希祖对方志学颇有研究。早在1923年，就开始大规模地搜购地方志。1928年，他为傅振伦主编的《新河县志》作序，阐发自己的方志学思想。在中山大学时，他又欣然接受邹校长聘请，参与纂修《广东通志》，他与馆员们一起商讨体例和具体写法，撰写出《广东通志略例》、《广东通志总目》、《广东通志说明书》和《明广东东林党列传》等，在实际上起了发凡起例的作用。《广东通志》虽然最终没有编成，但留下了大量珍贵史料。在中山大学一年多的时间里，他还设立了方志学课程，倡导地方志研究。

在广州，他的南明史研究取得重大进展，一方面得到了许多长期搜寻不到的史料，成为中国收藏南明史料最丰富的学者。另一方面，他又将史料进行了初步整理和研究，写出许多题跋和有关南明史的论文，主要有《南明之国本与政权》、《南明广州殉国诸王考》、《屈大均传》等数十篇，成为我国研究南明史的权威。

五、北上南京

1934年1月，朱希祖接受校长罗家伦的聘请，出任中央大学史学系主任。之所以北上南京，也是出于多方面的考虑。首先，中央大学坐落在钟灵毓秀、虎踞龙盘的六朝古都南京，是东南文化荟萃之地；其次，长子朱偰也在中央大学经济系任教授、系主任；再次，此时的中央大学可谓是名流云集，群贤毕至。章门弟子汪东任文学院的院长，原在北京大学受到排挤的一些学者，如黄侃、吴梅等纷纷来此任教。

3月，朱希祖开始在中央大学授课。接着，他收到北京大学蒋梦麟的聘书，担任北大名誉教授。同时，又被国民政府行政院聘为古物保管委员会专门委员。在古物保管委员会，他制定了古物之范围与古物之种类，使保管会之工作得以开展，为后来的考古者调查古物订立了标准。教学之余，他与朱偰对南京近郊的古迹进行实地考古调查，发现六朝陵墓十三处，为之测量摄影，钩稽考证，写出《六朝陵墓调查报告》等专著，为研究南京历史文化奠定了基础。

这一时期，朱希祖将研究视线集中到赵明诚的金石学和宋代史学，撰写了赵明诚《诸道石刻录序》和《赵明诚年谱》；又编纂出《伪齐录校补》四卷和《伪楚录辑补》六卷，揭露日本帝国主义“以华制华”的侵华政策，使出卖民族利益的汉奸败类得到世人鞭挞，以史为鉴。

1935年，日本发动“华北事变”，妄图驻兵京汉，进而吞并中华。时局岌岌，谣言四起，而国际局势也益趋紧张，意大利正在谋求侵占埃塞俄比亚，朱希祖常为国事忧心忡忡，夜不能寐。他开始觅地藏书，准备避难，先将善本书装箱，以防万一。年底，研究汤球的《十六国春秋辑补》，作《十六国春秋分卷考》等。他在日记中写道：“时国难日深，瞻望北方，骎骎将沦异域，故阅此书，聊以消忧，而不谓忧之更殷焉。”1936年2月，他接受章太炎之邀请，到苏州章氏国学讲习会讲学，每月一次，直到抗日战争爆发。

日本发生“二·二六”兵变后，少壮派军人掌权，东亚局势更加危险。因陈寅恪发表文章，认为李唐先世系鲜卑人，于是，日本金井之忠也发表《李唐源流出于夷狄考》，欲以曲解历史，摧毁我民族精神。某些学者察觉不到日本意图，盲从附会，将明成祖、李白、唐太宗等人都说成是“非中国人”。朱希祖目睹时弊，撰写《驳李唐为胡姓说》和《明成祖生母记疑辨》进行回击，旁征博引，论证出史实真相。1936年5月，与朱偰合作谱写了《万里长城歌》，“以振起固有民族精神”。6月，章太炎逝世，朱希祖闻耗大恸，驰往襄理丧事，并撰挽联云：“一代通儒尊绛帐，千秋大业比青田。”赞颂章太炎为教育和革命事业做出的巨大贡献。作《章太炎先生之史学》以示纪念。

这一时期，朱希祖的史学研究成果丰富，在南明史研究之余又开始了对宋史和六朝史的关注，撰写出颇有影响力的传世之作，拓展了其史学研究领域，深化了史学思想。

六、西迁重庆

1937年6月，朱希祖自己安排了暑期生活：“一拟读《史记》、《汉书》，学其文章史法，并作札记，一记心得；一拟阅南明史，先融其全局史事，以备撰南明史，亦作笔记以记心得。”然而，天不遂人愿，7月7日，卢沟桥事变爆发，全国抗战开始。中央大学奉命西迁，本来拟定的计划被无限期地搁置起来。北平、天津相继失守，上海、南京危在旦夕，朱希祖为故都文献忧心如焚。他当时收藏的仅南明史籍就已多达700余种，居“全国公私第一”。搬迁藏书耗费了他大量的心血，其中辛苦难以想象。

朱希祖是一位藏书家，藏书最多时达25万册，曾得到十分罕见的明代影抄本《水经注》，因此，章太炎为其书房题名曰“郦亭书室”。他还广搜博访海盐乡贤遗著，如海内孤本清康熙《海盐县志》。作为一个教授，朱希祖的生活并不富裕，但为买书他甘愿过着俭朴的生活，每去书店，一旦发现善本书就喜不自胜，购买、研读并作题跋，撰成《明季史籍题跋》六卷和《郦亭藏书题跋记》四卷。从他的日记和题跋看，其历史研究在很大程度上是以自己的藏书为依托的。他注重书籍“内容的考订论证，本旨要义的发明阐述”，与王国维、胡玉缙等近代学者一样属于“读书的藏书家”。

周作人曾谈起朱希祖购买书籍的特长：“在旧书业的人们中间，提起‘朱胡子’来，几乎无人不知，而且有点敬远的神气。因为朱君多收藏古书，对于此道很是精明，听见人说珍本旧抄，便揎袖攘臂，连说‘吾要’，连书业专门的人也有时弄不过他。”朱希祖对自己的藏书早有设想，他说：“藏书之人能自籀读以终其身可矣。子孙能继起则遗子孙，否则，可送存图书馆，犹得贻令名于不朽也。”抗战时期又曾想建立一个“郦亭图书馆”，仿天一阁制，以垂久远。然而，由于日本侵华，朱希祖“九徙流离”，致使其各种设想皆付诸东流。不仅图书馆没有建成，其史学研究也“未竟所志”。

1937年11月，朱希祖随校到了四川重庆。国难深重，骨肉离散，令他痛苦不已，却不能使他放松研究工作。由于南明史资料不在身边，他只好开创新的研究课题。1938年，他读《华阳国志》，考证古代巴蜀二国之地理，写《华阳国志蜀建国始末》。又作《国语姓氏录》和《左传姓氏录》，颇有志于姓氏研究。还搜集宋代铁钱史料，撰写《两宋盛行铁钱之因果》。9月，开始研究黑格尔的《历史哲学》，同时阅读了大量哲学和心理学书籍，反省自己以往的史学研究，撰写《攻恶集》，意欲弃绝考据之学，重治有系统之知识。由此，他的历史观、史学思想又发生一次重大转变。

这一时期，他的研究偏重先秦史和民族史。他认为“今日世界为一新战国，颇可鉴古以治今；二因中国学术思想亦以此代为最发达，整理战国史，其价值等于欧洲史之希腊史，秦史则等于罗马史，此二史若成，则在中国史界可推为最大之伟业。”所以，他把精力转向了战国史研究，撰有《汲冢书考》五卷、《战国史年表》八卷。他还对过分疑古的治史态度进行了批评，主张治史“须为客观判断，不宜偏任主观，凭空臆说”。

抗日战争爆发后，朱希祖尝论“藉历史以说明国家之绵延，鼓励民族之复兴”，倡议政府建立档案总库以保存史料，开馆纂修国史。1939年，他代张继起草了“建立总档案库筹设国史馆议案”, 1940年2月，议案通过。朱希祖被任命为国史馆筹备委员会总干事，负责实际筹备工作。他为国史馆筹委会制定了各种规章制度，又为国史拟定了体例和撰写细则，在组织管理和纂修国史方面都称职地履行了总干事的职责。1943年3月，中国史学会在重庆成立，朱希祖当选为史学会理事及常务委员。

朱希祖治学广泛，精于史学，旁及金石、文字、目录、考古诸学，晚年喜与友人赋诗答和，“颇得魏武遗音”，“前辈诸先生，以达夫（高适，引者注）相许”。由于工作繁忙，加上身体多病，他不得不辞去中央大学史学系主任之职，后又辞去史馆职务，专任考试院务。他的史学研究昼夜无间，致使积劳成疾。1944年7月5日，因患严重哮喘并发肺气肿在重庆逝世，年仅66岁。国民政府发布褒扬令，为他举行公祭。亲朋好友、政府官员和许多学界名流都参加了悼念活动，这在战时的重庆，可谓是极一时之哀荣。朱希祖一直坚信中国人民的抗战必定会取得胜利，然“二京未收，国仇未报，一代史家，遽尔长逝”，令人甚感痛惜！

朱希祖的子女中，长子朱偰是留学德国柏林大学的经济学博士，回国后曾任中央大校经济学系系主任，于史学方面亦颇有成就。女儿朱倓毕业于北京大学，著有《明季社党研究》（商务印书馆，1945年），女婿罗香林“以史学教授传其业”。朱希祖教育、引导子女各有所成，正如他的朋友沈士远所言：“大师有子，能以史世其家。”